Un vicino ingombrante (1469–1474). Nel 1469, con il trattato di Saint-Omer, il duca Sigismondo d'Austria cede in pegno a Carlo il Temerario i suoi possessi in Alsazia in cambio di protezione contro i Confederati. Così la Borgogna, che si estende dai Paesi Bassi alla Franca Contea, diventa vicina diretta della Confederazione. Il balivo borgognone Peter von Hagenbach blocca il commercio dei cereali con le città del Reno: Basilea e Strasburgo chiedono aiuto a Berna, che teme di perdere le vie verso le fiere di Ginevra. Nel 1474 l'Austria e i Confederati fanno pace, con la cosiddetta Pace perpetua, e si alleano con le città alsaziane; Hagenbach viene giustiziato a Breisach e il 13 novembre 1474 la lega antiborgognona vince a Héricourt.
Berna all'attacco (1475). Carlo il Temerario, impegnato nell'assedio di Neuss sul Reno, vorrebbe la pace con i Confederati. Ma a Berna prevale il partito interventista di Niklaus von Diesbach su quello moderato di Adrian von Bubenberg. Nel 1475 bande bernesi e friburghesi invadono il Paese di Vaud, che appartiene alla Savoia, alleata della Borgogna, e conquistano 16 città e 43 castelli; gli altri cantoni disapprovano. Nello stesso autunno gli alto Vallesani vincono i Savoiardi alla Planta, presso Conthey, e occupano il basso Vallese fino a Saint-Maurice.
Grandson e Morat (1476). All'inizio del 1476 Carlo scende in campo contro Berna e Friburgo. Conquista Grandson e ne fa giustiziare la guarnigione, ma il 2 marzo, nella battaglia di Grandson, il suo esercito fugge e abbandona l'intero accampamento: tende, arazzi, artiglierie, gioielli. Il duca vuole la rivincita: con circa 20'000 uomini assedia Morat, difesa da Adrian von Bubenberg. Il 22 giugno 1476 circa 24'000 Confederati e alleati attaccano a mezzogiorno, dopo forti piogge, e sorprendono l'esercito borgognone. Tra gli 8000 e i 20'000 Borgognoni muoiono, contro alcune centinaia di Confederati.
Nancy e la fine del duca (1477). Il terzo tentativo costa la vita a Carlo il Temerario: il 5 gennaio 1477 muore nella battaglia di Nancy, dove i Confederati combattono al fianco del duca di Lorena. Lo Stato borgognone si dissolve; ne approfittano gli Asburgo e il re di Francia Luigi XI. A lungo si è raccontato che i Confederati fossero stati strumenti inconsapevoli del re francese; il Dizionario storico ricorda che furono invece Berna, Strasburgo e Basilea a volere la guerra.
Il bottino e i mercenari. I guadagni territoriali sono modesti: già nel 1476 i cantoni restituiscono il Vaud alla Savoia in cambio di denaro, e nel 1479 vendono a Luigi XI i diritti sulla Franca Contea. Berna e Friburgo tengono Morat, Grandson, Orbe ed Echallens; il basso Vallese resta agli alto Vallesani. Le vittorie spingono invece i principi europei ad arruolare i Confederati come mercenari: pensioni e denaro straniero entrano nella politica dei cantoni. Il cronista Diebold Schilling maledice il «cattivo e maledetto bottino».
Verso Stans. Le guerre rafforzano le città, e i cantoni rurali reagiscono: nel 1477 con la spedizione della «Folle vita», nel 1478 con l'affare Amstalden. Quando le città alleate stringono un patto di comborghesia con Friburgo e Soletta, la Confederazione è sull'orlo della rottura. La crisi si chiude solo con la Convenzione di Stans del 1481 (vedi la tappa).