«Liberi e svizzeri» (1798). Fino al 1798 Lugano, Locarno, Mendrisio, la Vallemaggia, Bellinzona, la Riviera, Blenio e la Leventina sono baliaggi: terre suddite, amministrate da landfogti mandati dai cantoni d'oltralpe. La rivoluzione arriva da sud. Nella notte tra il 14 e il 15 febbraio 1798 un gruppo di patrioti filofrancesi tenta di unire Lugano alla Repubblica Cisalpina, nata in Lombardia dalle conquiste di Napoleone, ma i volontari luganesi lo respingono. Da quei giorni viene il grido «Liberi e svizzeri»: liberi dai landfogti, ma dentro la Svizzera. Diventerà il motto del Ticino.
Due cantoni nella Repubblica Elvetica (1798–1803). Il 14 aprile 1798 la Repubblica Elvetica crea due cantoni: quello di Lugano, con gli ex baliaggi di Lugano, Locarno, Mendrisio e Vallemaggia, e quello di Bellinzona, con Bellinzona, Leventina, Riviera e Blenio. Hanno poca autonomia: li governano una Camera amministrativa e un prefetto nominato dal Direttorio. Il nuovo ordine è malvisto: imposte dirette, servizio militare obbligatorio, beni dei conventi sequestrati, comuni privati delle loro antiche autonomie. Le truppe francesi occupano il paese con pesanti requisizioni. Il 28 e 29 aprile 1799 una rivolta antifrancese a Lugano saccheggia la tipografia Agnelli e uccide l'abate Giuseppe Vanelli; poi arrivano gli Austriaci e i Russi, con nuovi saccheggi e la fame. Due tentativi di unire i due cantoni, nel 1801 e nel 1802, falliscono; nell'autunno 1802, sul Pian Povrò presso Lugano, un'assemblea proclama addirittura l'indipendenza del Luganese.
L'Atto di Mediazione (19 febbraio 1803). A mettere fine al disordine è Napoleone. Con l'Atto di Mediazione del 19 febbraio 1803, entrato in vigore il 15 aprile, unisce i due cantoni nel Cantone Ticino, uno dei sei nuovi cantoni con pari diritti. Il nuovo cantone ha una propria costituzione, contenuta nello stesso Atto, è diviso in otto distretti, che corrispondono agli antichi baliaggi, ha un Gran Consiglio di 110 membri e un governo, il Piccolo Consiglio, di nove, e ha per capitale Bellinzona. Per la prima volta la Svizzera italiana non è più terra suddita, ma un cantone sovrano.
Il primo Gran Consiglio (maggio 1803). A Bellinzona non c'è un edificio adatto a ospitare il nuovo parlamento. Il 20 maggio 1803 il primo Gran Consiglio si riunisce nel convento dei Benedettini, nella contrada di Codeborgo; le sedute seguenti si tengono nel refettorio del convento delle Orsoline, fuori dalle mura. Il 22 maggio il Gran Consiglio elegge il governo, il Piccolo Consiglio, presieduto da Vincenzo Dalberti. Il 25 maggio un decreto stabilisce i colori del cantone, il rosso e l'azzurro: i verbali non dicono perché, e sulle ragioni della scelta esistono solo ipotesi.
Una capitale contesa. Lugano contesta subito il primato di Bellinzona. La costituzione del 1814 introduce la capitale itinerante: ogni sei anni il governo si sposta tra Bellinzona, Locarno e Lugano. Dal 1848 il convento delle Orsoline, soppresso e passato al cantone, ospita la sede del governo; con la votazione popolare del 10 marzo 1878 Bellinzona diventa la capitale stabile. Il Palazzo delle Orsoline, più volte trasformato, è ancora oggi la sede del Gran Consiglio e del Consiglio di Stato.