Ein Transitland (1933–1938). Nach Hitlers Machtergreifung fliehen Juden, Sozialdemokraten, Kommunisten, Intellektuelle und Kunstschaffende aus Deutschland. Schon im Frühling 1933 unterscheiden die Schweizer Behörden zwischen «politischen Flüchtlingen», also persönlich Verfolgten, und allen anderen: Wer als Jude flieht, gehört nicht dazu. Zwischen 1933 und 1945 erhalten nur 644 Personen politisches Asyl. Die Schweiz versteht sich als Transitland: Flüchtlinge dürfen nicht arbeiten und müssen so rasch wie möglich weiterreisen. Zentrale Figur dieser Politik ist Heinrich Rothmund, Chef der Polizeiabteilung des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements, der eine «Überfremdung» des Landes fürchtet und jüdische Einwanderer für «nicht assimilierbar» hält.
Der J-Stempel (1938). Nach dem «Anschluss» Österreichs im März 1938 nimmt die Zahl jüdischer Flüchtlinge zu. Am 1. April führt die Schweiz die Visumspflicht für österreichische Pässe ein, im August beschliesst sie, Flüchtlinge ohne Visum an der Grenze abzuweisen. Als die österreichischen Pässe durch deutsche ersetzt werden, droht Bern mit einer Visumspflicht für alle deutschen Staatsangehörigen. Deutschland, das den Reiseverkehr nicht behindern will, schlägt darauf vor, nur die Pässe von Juden zu kennzeichnen. Rothmund, Leiter der Schweizer Delegation, äussert rechtliche und ethische Bedenken, doch am 4. Oktober 1938 stimmt der Bundesrat der Vereinbarung zu: Von diesem Tag an tragen die Pässe deutscher Juden ein grosses «J».
Wer sich widersetzt (1938–1939). Im St. Galler Rheintal lässt der Kommandant der Kantonspolizei, Paul Grüninger, auch nach der Grenzschliessung vom 19. August 1938 jüdische Flüchtlinge einreisen und datiert dazu ihre Einreisepapiere zurück. Er rettet mehrere hundert Menschen, nach einigen Quellen über 3000. 1939 wird er fristlos entlassen, 1940 wegen Amtspflichtverletzung und Urkundenfälschung verurteilt; danach lebt er in bescheidenen Verhältnissen. Yad Vashem ehrt ihn 1971; erst 1995, lange nach seinem Tod, rehabilitiert ihn das Bezirksgericht St. Gallen.
Die Grenzschliessung (August 1942). Im Sommer 1942 beginnen in ganz Europa die Massendeportationen in die Vernichtungslager, und Tausende Juden suchen Zuflucht in der Schweiz, vor allem aus Frankreich und Belgien. Gestützt auf einen Bundesratsbeschluss weist Rothmund die Kantone am 13. August 1942 an, Flüchtlinge «nur aus Rassegründen» an der Grenze zurückzuweisen, da sie nicht als politische Flüchtlinge gelten. Die Behörden wissen, welches Schicksal die Zurückgewiesenen erwartet.
«Ein stark besetztes, kleines Rettungsboot». Der Entscheid löst im ganzen Land Proteste aus. Am 30. August 1942 verteidigt ihn Bundesrat Eduard von Steiger, Vorsteher des Justiz- und Polizeidepartements, vor der Jungen Kirche, der reformierten Jugendbewegung, in Zürich-Oerlikon mit den Worten: «Wer ein schon stark besetztes, kleines Rettungsboot mit beschränktem Fassungsvermögen und ebenso beschränkten Vorräten zu kommandieren hat, indessen Tausende von Opfern einer Schiffskatastrophe nach Rettung schreien, muss hart scheinen, wenn er nicht alle aufnehmen kann. Und doch ist er noch menschlich, wenn er beizeiten vor falschen Hoffnungen warnt und wenigstens die schon Aufgenommenen zu retten sucht.» Aus diesem Bild entsteht das Schlagwort «Das Boot ist voll», das bis heute in der Schweizer Politik wiederkehrt.
Stimmen des Widerspruchs. Gertrud Kurz, Präsidentin der christlichen Friedensbewegung, die seit 1938 Flüchtlinge betreut, spricht bei von Steiger vor und erreicht eine vorübergehende Lockerung der Rückweisungen. Im Herbst kritisiert im Parlament eine Minderheit von Sozialdemokraten und einigen Liberalen die Politik des Bundesrats scharf. Viele Bürgerinnen und Bürger, Beamte und Pfarrer halten sich nicht an das Verbot und retten so zahlreiche Verfolgte.
Die Familie Sonabend (August 1942). Simon und Laja Sonabend, die mit ihren Kindern Charles und Sabine aus Belgien geflohen sind, finden in Biel erste Hilfe. Wenige Tage nach der Weisung vom 13. August werden sie verhaftet und nach Pruntrut gebracht; ein erster Ausschaffungsversuch scheitert am Protest der Bevölkerung, doch am 17. August 1942 bringt die Polizei die Familie nachts ins besetzte Frankreich. Dort werden sie gefasst und in Drancy interniert; am 24. August werden die Eltern nach Auschwitz deportiert und ermordet, die Kinder überleben durch Zufall. Im Jahr 2000 zahlt der Bund den beiden Geschwistern 200'000 Franken als Entschädigung, ohne eine Rechtspflicht anzuerkennen. Seit Mai 2025 erinnern Stolpersteine in Biel an die Familie.
Abgewiesen und aufgenommen (1939–1945). Erst ab Ende 1943, als sich die Niederlage Deutschlands abzeichnet, wird die Politik gelockert; am 12. Juli 1944 schreibt eine Weisung vor, alle an Leib und Leben gefährdeten Zivilpersonen aufzunehmen. Während des Krieges werden etwa 20'000 Menschen an der Grenze abgewiesen, weiteren 10'000 verweigern die Schweizer Konsulate ein Visum; viele von ihnen sterben in den Vernichtungslagern. Der Bergier-Bericht zählte 24'398 dokumentierte Rückweisungen, doch die Zahl enthält Mehrfachabweisungen, und neuere Studien halten sie für zu hoch. Im gleichen Zeitraum beherbergt die Schweiz für einige Wochen oder Jahre rund 60'000 verfolgte Zivilpersonen, darunter rund 28'000 Juden, ausserdem 104'000 Militärpersonen, etwa 60'000 Kinder aus den Nachbarländern und 66'000 Grenzflüchtlinge. Bei Kriegsende befinden sich rund 115'000 Flüchtlinge im Land.
Wer rettet (1942–1945). In Budapest leitet der Schweizer Vizekonsul Carl Lutz die Abteilung für fremde Interessen der Gesandtschaft. Nach der deutschen Besetzung Ungarns im März 1944 stellt er weit mehr als die 8000 bewilligten Schutzbriefe aus und bringt nach dem Putsch der Pfeilkreuzler Tausende in 72 Schutzhäusern in Sicherheit. Insgesamt rettet er rund 62'000 Juden – über sein Mandat hinaus, aber von Bern geduldet.
Die Aufarbeitung (1957–1999). 1957 legt der Jurist Carl Ludwig im Auftrag des Bundesrats den ersten Bericht über die Flüchtlingspolitik vor. 1967 veröffentlicht der Journalist Alfred A. Häsler das Buch Das Boot ist voll; 1981 gewinnt Markus Imhoofs gleichnamiger Film einen Silbernen Bären in Berlin und wird für den Oscar nominiert. Am 7. Mai 1995 entschuldigt sich Bundespräsident Kaspar Villiger für die Flüchtlingspolitik und den J-Stempel. Im Dezember 1999 kommt die Unabhängige Expertenkommission unter Jean-François Bergier zum Schluss, dass die Schweiz Menschen in höchster Lebensgefahr die Hilfe verweigert und – gewollt oder nicht – zur Erreichung der Ziele des NS-Regimes beigetragen hat.