1499 stehen die Eidgenossenschaft und ihre Verbündeten, die Drei Bünde in Graubünden, Kaiser Maximilian I. von Habsburg und dem Schwäbischen Bund gegenüber, die sie wieder den Institutionen des Reiches unterstellen wollen. Der Krieg wird entlang des Rheins geführt, vom Bodensee bis nach Graubünden.
Der entscheidende Sieg fällt am 22. Juli bei Dornach nahe Basel. Mit dem Frieden von Basel vom 22. September 1499 sind die Eidgenossen nicht mehr den Reichsgerichten und Reichssteuern unterworfen: Es ist die faktische Unabhängigkeit, die 1648 formell anerkannt wird.