Eine Oase inmitten des Kriegs (1618–1648). Der Dreissigjährige Krieg stellt die Habsburger Österreichs und Spaniens und ihre katholischen Verbündeten gegen Frankreich, die protestantischen Fürsten, die Niederlande und Schweden und verwüstet vor allem Deutschland. Die zwischen katholischen und reformierten Orten gespaltene Eidgenossenschaft erklärt mehrmals ihre Neutralität und wird nur am Rand berührt. Die Mächte wetteifern jedoch um ihre Ressourcen: Söldner, Lebensmittel, Pferde und die Alpenpässe. Graubünden wird ab 1620 in die «Bündner Wirren» um das Veltlin hineingezogen; 1633 ziehen schwedische Truppen über Stein am Rhein, und von 1635 bis 1639 besetzt das Heer Bernhards von Sachsen-Weimar das Fürstbistum Basel. Als die Schweden 1646 an den Bodensee vorrücken, schliessen die Orte das Defensionale von Wil (1647), das ein gemeinsames Heer von 40'200 Mann vorsieht. Der Dichter Grimmelshausen wird die Schweiz als Land des Friedens und Wohlstands inmitten des Kriegs beschreiben.
Das Problem Basel. Basel und Schaffhausen sind 1501 nach der Reichsreform der Eidgenossenschaft beigetreten und stehen noch in den Reichsmatrikeln. Während des Kriegs nimmt das Reichskammergericht in Speyer Appellationen gegen Basler Urteile an und eröffnet Verfahren gegen Basler Kaufleute, mit der Begründung, die Stadt sei noch dem Reich unterworfen. Um sich zu wehren, verlangt Basel eine eidgenössische Gesandtschaft an den Friedenskongress, auch weil Frankreich, das bald das Elsass erhält, direkter Nachbar wird.
Wettstein in Münster (1646–1648). Im Dezember 1646 reist der Basler Bürgermeister Johann Rudolf Wettstein nach Münster, nur mit einem Mandat der vier reformierten Städteorte und der zugewandten Städte Biel und St. Gallen; die katholischen Orte sind zunächst dagegen. Er will die Ansprüche des Reichskammergerichts abwehren und die alten Freiheiten bestätigen lassen. Mit Unterstützung des Leiters der französischen Delegation, Henri II. d’Orléans-Longueville, der als Fürst von Neuenburg an der Lösung des Corpus helveticum vom Reich interessiert ist, zielt Wettstein höher: auf die Anerkennung der Souveränität der Eidgenossenschaft. Im Februar 1647 erhält er schliesslich ein Mandat aller dreizehn Orte.
Die Exemtion vom Reich (24. Oktober 1648). Der am 24. Oktober 1648 unterzeichnete Friede besteht aus zwei Verträgen: zwischen dem Kaiser und Frankreich in Münster und zwischen dem Kaiser und Schweden in Osnabrück. Artikel 6 des Osnabrücker und Paragraf 61 des Münsterer Vertrags gewähren Basel und den übrigen Orten «volle Freiheit und Exemtion vom Reich» und halten fest, dass sie den Reichsgerichten nicht mehr unterstehen. Es ist nicht die völkerrechtliche Souveränität, die im selben Jahr die Niederlande erhalten, doch Frankreich und der Kaiser, ausnahmsweise einig, legen sie sogleich so aus; manche Reichsjuristen betrachten die Eidgenossenschaft noch bis 1803 als Teil des Reichs.
Die Folgen. Die nach dem Schwabenkrieg von 1499 (siehe die Station) erlangte faktische Unabhängigkeit wird zur rechtlichen. Laut dem Historischen Lexikon der Schweiz bringt die Kriegserfahrung Neutralität, Landesverteidigung und religiöse Toleranz als Überlebensbedingungen ins politische Bewusstsein von Eliten und Volk. Doch die sozialen und konfessionellen Spannungen, die während des Kriegs in Schach gehalten wurden, brechen bald danach aus, im Bauernkrieg von 1653 (siehe die Station) und im Ersten Villmergerkrieg von 1656.