Ab 1519 fordert Huldrych Zwingli, Leutpriester am Grossmünster in Zürich, die Rückkehr zur Schrift allein: Er schafft die Messe ab, schliesst die Klöster und entfernt die Bilder aus den Kirchen. Die Reformation breitet sich nach Bern, Basel und Schaffhausen aus, während die Orte der Innerschweiz katholisch bleiben. Zwingli stirbt 1531 in der Schlacht bei Kappel.
In Genf macht Johannes Calvin die Stadt ab 1541 zum «protestantischen Rom», einem Vorbild für die Reformierten in Frankreich, den Niederlanden, Schottland und Amerika. Die konfessionelle Spaltung prägt die Schweizer Geschichte während mehr als drei Jahrhunderten.