Nel 1499 la Confederazione e i suoi alleati delle Tre Leghe grigionesi affrontano l'imperatore Massimiliano I d'Asburgo e la Lega sveva, che vogliono riportarli sotto le istituzioni dell'Impero. La guerra si combatte lungo il Reno, dal lago di Costanza fino ai Grigioni.
La vittoria decisiva arriva il 22 luglio a Dornach, presso Basilea. Con la pace di Basilea, il 22 settembre 1499, i Confederati non dipendono più dai tribunali e dalle tasse imperiali: è l'indipendenza di fatto, che sarà riconosciuta formalmente nel 1648.