La Confederazione rimane fuori dalla guerra dei Trent'anni, che devasta l'Europa dal 1618. Ai negoziati di pace di Vestfalia il borgomastro di Basilea, Johann Rudolf Wettstein, ottiene che la Svizzera sia riconosciuta esente dalla giurisdizione dell'Impero.
Con i trattati del 1648 l'indipendenza di fatto, già raggiunta nel 1499 dopo la guerra sveva, diventa indipendenza di diritto.